Рассказ начинается в провинциальном сибирском городке: рассказчик знакомится с Александром Петровичем Горянчиковым — бывшим помещиком, сосланным за убийство жены, ныне тихим учителем и поселенцем. После его смерти в доме находят плотную рукопись — «Сцены из Мертвого дома»; рассказчик публикует отрывки. Так открывается детальное, наблюдательное описание острога как замкнутого мира со своими законами, разрядами заключённых (гражданский, военный, «особое отделение»), караулами, кухнями и бесконечными поверками.

Автор фиксирует быт: нарах по три доски, жалкая полупища, всеобъемлющий дым, праздность, ремёсла, контрабанда, ростовщичество, игры и вечные сплетни. Перед читателем проходят живые типажи: строгий Аким Акимыч; добродушный Нурра, «лев» с Кавказа; мягкий Алей, которого учат читать; жестокий Газин, вор и насильник; обаятельный Исай Бумштейн; решительный Петров; доносчик «А‑в» и железный Орлов. Через них раскрываются характеры каторжной среды — её ирония, трагедия и мелкие человеческие драмы.

Особое место занимают сцены наказаний и госпитальная жизнь. Описаны вариации телесных кар: публичные побои, «прогон через фрунт», раздел розог по решению врача; сцены перед бичеванием, молитвы, мольбы, крики и смех палача. Фигура жеребятникова как садиста противопоставляется смекалистому Смекалову, умеющему даже при наказании «угодить» арестантам шуткой. Доктора и лекарская комиссия влияют на дозирование телесных наказаний, но автор наглядно показывает, что розги калечат не только тело, но и нрав. Раскрыта психология палачей: добровольные и «подневольные» мучители, коррупция, взятки за «мягкое» наказание — всё это разлагает общество.

Госпитальная хроника полна деталей: торговля пайками, сумасшедшие, хитрости ухода от кары, характеры пациентов — упорный Орлов, польский надсмотрщик‑больной, фантазии других. Домашние эпизоды с лошадкой Гнедко, козлом Васькой, птицами и собаками смягчают мрачную картину, показывая, как привязанность к животным сохраняет человечность.

Автор рассуждает о влиянии каторги на душу: привычка, тщеславие, отсутствие раскаяния у многих, ругань как ремесло; театр, праздник Рождества и арестантские представления дают редкие проблески жизни. Описан побег — романтика и жестокая реальность: пулевое ранение, поимка, суд, наказание. Наблюдения пронизаны сочувствием и нравственной рефлексией: каторга не исправляет, а калечит. Написанные Ф. М. Достоевским по впечатлениям заключения (1849–1854) и опубликованные в 1861 году «Записки из Мёртвого дома» стали новаторским документально‑реалистичным очерком, важным этапом в творчестве писателя и в русской литературе XIX века.